Die botanische Sammlung
Etwa 35.000 Herbarblätter von Moosen, Farnen und vor allem von Blütenpflanzen aus ganz Europa und Übersee sind von über 500 Floristen besonders im 19. Jahrhundert angelegt und in den Jahren nach 1960 in einer systematischen Sammlung vereinigt worden. Die ältesten Belege bilden mehrere gebundene Sammlungen heimischer Pflanzen aus dem 17. und frühen 18. Jahrhundert, wovon eine mit 1661 datiert ist. Zum Herbarium gehören außerdem Flechten, Algen und Pilze, Früchte und mikroskopische Präparate. Eine Besonderheit stellt auch die Xylothek, eine Sammlung geschnittener Holzproben, dar. Sie datiert auf die zweite Hälfte des 18. Jahrhundert und geht auf den Erfurter Kaufmann Johann Bartholomäus Bellermann zurück.
Zum Herbar gehört auch die Pflanzensammlung des Pfarrers Friedrich Christian Heinrich Schönheit aus Singen, der in den Jahren von 1837 bis 1850 eine Kollektion von 1232 Arten des Fürstentums Schwarzburg-Rudolstadt für das Naturalienkabinett zusammenstellte. 1850 gab Schönheit das »Taschenbuch der Flora Thüringens« heraus.
Im Herbarium befinden sich Belege für das frühere Vorkommen zahlreicher Arten in Thüringen und darüber hinaus. Etwa 70 % des Bestandes ist katalogisiert. Eine verstärkte Digitalisierung wird angestrebt.